معمولا سرورهاي لينوكس نسيت به سرورهاي ويندوز ارزانتر خدمات مي دهند در ضمن خدماتي هم كه ارائه مي دهند داراي امكاناتي زيادي از لحاظ اكانت زيردامنه - ايميل - اكانتFTP و ... هستند

البته شرکت هاست پرتال به دلیل داشتن بزرگترین سرور بین شرکت های رقیب خود در ایران ، هاست های ویندوز خود را بسیار ارزانتر از شرکت های دیگر و همین طور سرور لینوکس خود می دهد.

در کل امنیت ویندوز (تمامی جوانح) بهتر می باشد زیرا بخش های مدیریتی آن از لحاط امنیتی بالاست و به جای http از https استفاده می کند که ضریب نفوذ را بسار گاهش می دهد در صورتی که در لینوکس فقط  http است.

البته سرور لینوکس هم مزایایی  نسب به ویندوز دارد.

چون اكثر سرورها از سخت افزارهايي در يك سطح استفاده مي كنند سرعت آنها چندان با يكديگر تفاوتي ندارند ولي برخي از كاربران خدمات ميزباني معتقدند كه سرورهاي لينوكس سريعتر از سرورهاي ويندوز به  کاربران خود در کنترل پنل سرويس ارائه مي دهند.  آن هم به دلیل گرافیک بالای کنترل پنل مشتری ویندوز و هم چنین امکانات بیشتر  کنترل پنل ویندوز به لینوکس می باشد که خود این امر طبیعی می باشد و غیر قابل اچنتاب می باشد.

سرورهاي ويندوز بيشتر از سرورهاي لينوكس از نرم افزار هاي برنامه نويسي و ايجاد بانك هاي اطلاعاتي پشتيباني مي كنند

Programs

Linux

Windows

FrontPage extension